Les travaux de recherche récents d’Andrée Mercier portent sur la narrativité contemporaine et, plus particulièrement, sur les questions de narration problématique, de vraisemblance et d’autorité narrative dans le roman. Un volet de cette recherche aborde dans une perspective comparée les littératures narratives québécoise et française. Andrée Mercier a par ailleurs publié plusieurs études sur le récit québécois contemporain d’un point de vue générique, poétique et institutionnel. Elle a été membre du groupe ASTER dédié à l’analyse sémiotique de textes religieux et littéraires de 1992 à 2009 et participé à deux ouvrages, l’un consacré au récit de vocation et l’autre à la représentation du déluge. Enfin, elle a réalisé plusieurs travaux sur l’œuvre de l’écrivain Jacques Ferron, dont un livre ayant pour objet l’incertitude narrative de ses contes.